Shopify vs Rakuten & Amazon: Choosing Between Your Own EC and Marketplaces

Shopifyと楽天・Amazonは、どっちが優れているかではなく「役割」が違います。集客を借りる場所か、ブランドを所有する場所か——この一点で選べば、判断を大きく間違えることはありません。

両者はコストの仕組みも、集客の出どころも、手元に残る資産も違います。この記事では、Shopify（自社EC）と楽天・Amazon（モール）の違いを手数料構造・ブランド資産化・費用の考え方から整理し、事業フェーズ別に「先にどちらをやるべきか」「両立すべきか」を判断できる材料をお渡しします。料金はすべて2026年6月時点・税別・年払いが基準です。

ShopifyとECサイト／モールの違いを30秒で

Shopifyは「自社EC（自分専用のネットショップ）」を立ち上げるプラットフォーム、楽天市場やAmazonは「モール（複数の店が集まる商業施設）」です。

国内のBtoC物販系EC市場は2024年で約15.2兆円、EC化率9.78%（出典：meti.go.jp、netshop.impress.co.jp）。うち楽天・Amazon・Yahoo!の3大モール流通総額が約11.2兆円規模（出典：prtimes.jp）と、モールが市場の大半を占めます。モールは「すでに買う気のある客が集まっている場所」です。

モールと自社ECの構造的な違い：手数料 vs 集客資産

違いは突き詰めると、集客の出どころ・コスト構造・顧客データの所有権の3軸に集約されます。

角度の核心はここです。モールは「手数料で集客を買い続ける」仕組み、自社ECは「ブランドと顧客リストを所有する」仕組み。モールは出店すれば人通りがある一方、上位表示やセール参加には値引き・ポイント還元・広告が事実上の必須で、利益を削る消耗戦になりやすい（出典：sbmd.jp）。自社ECは手数料も世界観も自社のものですが、最初の人通りはゼロで集客は全部自前です。

費用と手数料の考え方：販売手数料 vs 決済手数料

「どちらが安いか」ではなく「コストの性質が違う」と捉えると判断を誤りません。

Shopify（自社EC）

（出典：shopify.com/jp/pricing）

楽天市場（モール）

別途、初期登録費用60,000円、固定費（R-Messe等）月3,000〜5,000円、ポイント原資やアフィリエイト負担がかかります（出典：rakuten.co.jp、stockcrew.co.jp）。プラン切替の損益分岐は月商約178万円あたりとされます（メディア試算）。

Amazon（モール）

• 大口出品：月額4,900円（固定）／販売手数料はカテゴリー別でおおむね8〜15%
• 小口出品：月額固定費なし／1商品売れるごとに成約料100円。月49点以上なら大口が有利

（出典：sellercentral.amazon.co.jp、link-ecconsulting.co.jp）

Shopifyの決済手数料3.25〜3.55%に対し、モールの販売手数料・システム利用料にはポイントや広告原資が積み上がります。売れば売るほどモールは集客の対価を払い続ける構造、自社ECは手数料が低い代わりに集客コストを自分で負う——これがコストの性質の違いです。

ブランド資産化とリピート：なぜ自社ECには顧客とブランドが残るのか

自社ECの最大の価値は、手数料の安さよりも「資産が残ること」です。

モールの購入者はあくまで「モールの顧客」で、メールやLINEでの再アプローチには制約があり、次も検索結果で競合と並びます。自社ECなら顧客リスト・購買データを自社で持てるため、CRMでリピートを促し、ファン化してLTV（顧客生涯価値）を伸ばせます。

ただし正直に書くべき現実があります。自社ECは「作っても売れない」ケースが多数派です。楽天・ヤフー出店者が自社ECに挑戦して9割が失敗するという実務報告もあり（出典：sbmd.jp）、自然検索で安定集客できるまで最低6ヶ月〜1年かかるのが実務上の目安、その間は広告費が先行します（出典：sbmd.jp）。「ブランドが残る」のは事実ですが、それは集客の苦労を引き受けたうえでの話です。当社はShopifyを扱う立場ですが、ここを曖昧にして勧めることはしません。

フェーズ別の使い分け：新規／モール出店済み／多店舗

「優劣」ではなく「いまの自社にどちらが必要か」で選びます。

• 新規立ち上げ：まずモールで「売れる商品か」を最小コストで検証するのが堅実。集客ゼロの自社ECから始めると広告費だけが膨らみます。手応えが出てから自社ECを足す順番が安全です。
• モール出店済み：自社ECを追加する好機。モールで認知を取りながら、自社ECで利益率の高いリピーター・ファンを育てる「両立」が王道です。運用負荷が重い場合はEC運用代行という選択肢も検討できます。
• 多店舗・大規模事業者：一律「両立すべき」とは言えません。モールで月商1億円規模なら、立ち上げ初期の自社EC数百万円は経営インパクトが小さく、優先度が下がるのが合理的な場合があります（出典：note.com、sbmd.jp）。無理に自社EC比率を上げる必要はありません。

多くの企業の正解は「モールで認知、自社ECで利益とファン化」の両立。ただし事業規模によっては両立を急がない判断もある——これが正直なところです。

当社の見解：両立を支えるAI高速構築という選択肢

当社、株式会社六（Roku inc.）は、Shopify Japan設立（2017年11月／出典：Shopify）以前からShopifyに注力してきたEC構築会社です。実績の一例として、北海道のチョコレートストアDADACAのShopifyストアを約3ヶ月で構築し、運用コスト削減を実現しました。

当社の立場は明確です。二択ではなく、多くの事業者には両立をお勧めします。モールで認知を取り、自社ECでブランドと顧客を資産化する。ただし自社ECは集客に時間がかかるため、いきなり全面移行（脱モール一本化）は推奨しません。

提供範囲も正直にお伝えします。当社の強みはShopifyの構築・移行、楽天運用の自動化、AIによる業務効率化です。AI駆動開発により100%オーダーメイドのストアを高速・低コストで構築できます。一方、発送やカスタマーサポートを丸ごと引き受けるフル人手の運用代行は当社の範囲外です。できることとできないことを切り分けてお伝えするのが当社の方針です。

「自社の場合はどう使い分けるべきか」を相談したい方は、無料モックアップ相談をご利用ください。

よくある質問

Shopifyと楽天、どちらを先に始めるべきですか？

新規立ち上げなら多くの場合モール（楽天・Amazon）が先です。すでに買う気のある客が集まっており、最小コストで「売れる商品か」を検証できます。手応えが出てから、利益とファン化のために自社ECを足すのが安全な順番です。

モールをやめて自社ECに一本化すべきですか？

慎重に判断してください。「脱モール」一本化は中途半端な構築・運用で失敗しやすいことが知られています（出典：eczine.jp）。モールの値引き・ポイント中心の集客手法は自社ECに転用できず、コンセプト・CRM・LTV設計がないまま移行すると売上を落とします。当社が両立を勧めるのは、この失敗を避けるためでもあります。

在庫や受注を二重管理しないためには？

両立すると在庫・受注管理が分散しますが、在庫連携の仕組みやShopifyアプリ、楽天運用の自動化で大幅に軽減できます。当社が得意とする領域です。一方、発送やCS対応そのもののフル代行は当社の範囲外です。

自社ECは集客できず売れないのでは？

その懸念は正しいです。自社ECは安定集客まで6ヶ月〜1年かかるのが実務上の目安で、その間は広告費が先行します（出典：sbmd.jp）。だからこそ「モールで集客しながら自社ECを育てる」両立が現実的です。自社ECは即効性ではなく、資産が残ることに価値があると理解して取り組むのが成功の条件です。

迷ったら、二択で消耗する前に「いまの自社のフェーズはどこか」を見極めること。自社に合った使い分けを具体的に知りたい方は、無料モックアップ相談からお気軽にご相談ください。